Wie alle anderen Stationen der Stammstrecke verfügt auch er über zwei Ausgänge. Der westliche erschließt über ein weitläufiges Zwischengeschoss die Straßenkreuzung Altstadtring/Tal/Zweibrückenstraße, der östliche mündet in den Innenhof der Einkaufspassage Breiterhof zwischen der Thierschstraße und der Liebherrstraße.

 

Weil die S-Bahn-Strecke zwischen den Bahnhöfen Isartor und Rosenheimer Platz die Isar unterquert, ist unmittelbar östlich des Bahnhofs in jeder Tunnelröhre ein Wehrkammertor angebracht, mit dem der Tunnel wasserdicht abgeriegelt werden kann, damit die westlich der Isar liegenden Bahnhöfe im Falle eines Wassereinbruchs nicht volllaufen und durch den Übergang am Marienplatz auch das U-Bahn-Netz überflutet würde. Auf der östlichen Seite der Isar existiert keine solche Konstruktion, da die Station Rosenheimer Platz wesentlich über Isarniveau liegt.

 

Beim Tunnelbau musste der etwa 2000 Tonnen schwere Turm des Isartors von einer aufwändigen Hilfskonstruktion gestützt werden, um Baustelle und Turm abzusichern.,,Der Bahnhof ist eine der fünf Tunnelstationen der S-Bahn-Stammstrecke, die 1966 bis 1972 errichtet wurde. Im Gegensatz zu den vier anderen stellt München Isartor jedoch betrieblich einen Bahnhof dar und nicht nur einen Haltepunkt, da er vier Weichen besitzt. Diese dienen in Richtung Ostbahnhof dem Wechsel von Gleis 1 auf Gleis 2, in Richtung Donnersbergerbrücke ermöglichen sie die Überleitung von Gleis 2 auf Gleis 1.